дезориентираните контиги присъстват в референтните геноми със значителни скорости (напр. 1% в референтния геном на мишката). Strand-seq, въпреки че конвенционалните методи за секвениране, могат да разкрият тези дезориентации. Има дезориентирани контиги, когато наследяването на нишката се променя от едно хомозиготно състояние в друго (напр. WW към CC или CC към WW). Освен това тази промяна в състоянието е видима във всяка Strand-seq библиотека, засилвайки присъствието на неправилно ориентиран контиг.
идентифициране на неслучайна сегрегация на сестрински хроматиди
преди 60-те години на миналия век се предполагаше, че сестринските хроматиди са разделени на случаен принцип в дъщерни клетки. Въпреки това, не случайно сегрегация на сестрински хроматиди се наблюдава в клетките на бозайниците оттогава. Има няколко хипотези, предложени за обяснение на неслучайната сегрегация, включително постулата на Безсмъртната нишка и постулата на Безмълвната сестра, една от които може да се надяваме да бъде проверена чрез методи, включващи Strand-seq.
"Хипотеза за безсмъртна нишка"
Изображение 263A | Резултатът от BAIT, показващ броя на четените както за Watson (W, green), така и за Crick (C, синьо). Всяка четена изброена лента показва броя на анализите, приведени в съответствие с 200-kb кошче от референтния геном. Оттук се прави заключение за наследство на родителски шаблон. Например, ако и двете копия на 200-kb хромозомния сегмент в дъщерната клетка бяха синтезирани от нишки на шаблон на Уотсън в родителската клетка, това би било представено с голяма зелена лента, показваща чисто W подравняване в тази хромозомна област. Освен това, превключвателите между хомозиготни и хетерозиготни състояния на наследяване на шаблонните нишки се интерпретират като сестрински хроматидни обмени (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL 2а2: (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Автор : Yavor Mendel
Коментари
Публикуване на коментар